Chương 3 - Chú giải Tin Mừng theo Thánh Gio-an
Câu 2. gặp Đức Giê-su ban đêm - Ở thời điểm này, đức tin của Ni-cô-đê-mô còn yếu, chính vì thế, để tránh tự gây nguy hiểm cho bản thân, ông không dám tới gặp Chúa ban ngày vì sợ các địch thù của Ngài phát hiện. Thực ra, “trong giới lãnh đạo Do-thái cũng có nhiều người đã tin vào Đức Giê-su. Nhưng họ không dám xưng ra, vì sợ bị nhóm Pha-ri-sêu khai trừ khỏi hội đường” (Ga 12,42).
Câu 5. không ai có thể vào Nước Thiên Chúa, nếu không sinh ra bởi nước và Thần Khí - Các Giáo Phụ, cách đặc biệt là Thánh Augustinô, đã trích dẫn câu nói này của Chúa Giê-su để chứng minh tính thiết yếu của việc rửa tội cho trẻ em. Hơn nữa, qua việc đòi hỏi cần phải có nước, Chúa chúng ta cũng bác bỏ những phép rửa mang tính ngầm ẩn, mơ hồ (x. Cv 8,36.10,47; Tt 3,5).
Câu 8. Gió muốn thổi đâu thì thổi - Thánh Gio-an Kim Khẩu và Thánh Cyrilô cho rằng ở đây, Chúa Ki-tô như thể đang so sánh các chuyển động của Chúa Thánh Thần với gió là đối tượng mà con người có chỉ thể giải thích rất ít về nó, rằng nó đến từ đâu, hoặc thổi đi đâu. Trong khi Thánh Augustinô, Thánh Ambrôsiô và Thánh Grêgôriô hiểu cách diễn đạt này ngụ ý rằng Chúa Thánh Thần là Đấng mà điều duy nhất người ta có thể nói cách thích đáng về Ngài là Ngài tự do hành động cách tùy ý.
Câu 10. Ông là bậc thầy trong dân Ít-ra-en, mà lại không biết những chuyện ấy - Tức là không biết đến sự tái sinh để bước vào một đời sống mới mà Cựu Ước đã ngụ ý nhiều lần, chẳng hạn như phép cắt bì tâm hồn được ông Mô-sê nói với dân Ít-ra-en (Đnl 10,16); hay lời nguyện xin một tấm lòng trong trắng cùng sự đổi mới tinh thần mà vua Đa-vít dâng lên Thiên Chúa (Tv 51,12); hay lời hứa tặng ban một quả tim mới và thần khí mới mà Thiên Chúa đã phán qua miệng ngôn sứ Ê-dê-ki-en (Ed 36,26);... Vì bận tâm với các nghi lễ và truyền thống, người Pha-ri-sêu thường dành ít sự chú ý đến những điều thuộc về tinh thần vốn có tầm quan trọng lớn hơn.
Câu 11. chúng tôi nói những điều chúng tôi biết - Tại sao Chúa Giê-su lại sử dụng ngôi thứ nhất số nhiều trong câu này? Thánh Tô-ma A-qui-nô giải thích rằng: đó là vì Con Một Thiên Chúa, Đấng đang nói ở đây, muốn tỏ cho chúng ta cách Chúa Cha ở trong Chúa Con, Chúa Con ở trong Chúa Cha, và Chúa Thánh Thần phát xuất từ cả hai Ngôi Vị.
Câu 13. Không ai đã lên trời, ngoại trừ Con Người, Đấng từ trời xuống - Theo nghĩa văn tự và tường minh, những lời này, những lời mà Chúa Giê-su lặp lại nhiều lần, cho thấy rằng Chúa Ki-tô đã ở trên trời và đã hiện hữu từ trước khi được Đức Trinh Nữ Ma-ri-a sinh ra. Ngoài ra, khi trở thành người và chuyện trò với con người dưới thế, thì Con Thiên Chúa cũng đồng thời ngự trên trời. Những điều này trái với quan điểm sai lạc của phái ngộ đạo khởi từ Cerinthus (cùng thời với các tông đồ) và những người theo Fausto Sozzini (thế kỷ XVI).
Câu 14. Con Người cũng sẽ phải được giương cao - Như vậy, với Chúa Ki-tô, thập tự giá giờ đây đã không còn là một án tử hình ô nhục, nhưng là vinh quang. Hơn nữa, giống như dân Ít-ra-en đã được chữa lành khi nhìn lên con rắn bằng đồng (Ds 21,8), thì các Kitô hữu cũng được chữa lành khi nhìn lên Chúa Giê-su Ki-tô chịu đóng đinh với một đức tin tích cực, tràn đầy lòng mến và sự tin tưởng.
Câu 17. Thiên Chúa sai Con của Người đến thế gian - Như thế, Người không phải là Con của Cha chỉ qua Nhập thể, nhưng là Con của Cha ngay từ lúc khởi đầu, là Ngôi Lời Thiên Chúa từ trước muôn đời.